增值税专用发票已认证，对方公司作废，如何进行账务处理 ？

1、先通知购货方作进项税额转出处理。 

2、问题中的这种情况属于将电子发票进行了作废，而纸质发票交给了购货方，并且购货方通过了认证进行了进项税额抵扣。在增值税稽核系统属于作废发票，那么在次月经过国家税务总局进行比对以后，系统会提示发票为作废发票，抵扣凭证审核系统会通知购货方主管税务机关进行协查，购货方主管税务机关会通知购货方作进项税额转出处理，并将协查结果回复给开票方主管税务机关。而对于销货方来说，因为发票已经作废，在本月肯定没有进行作销售处理，那么，在这个月可以重新再开正确发票,购货方接到重开发票按照正常程序重新抵扣。

3、《国家税务总局关于修订<增值税专用发票使用规定>的通知》(国税发〔2006〕156号)第二十五条规定，用于抵扣增值税进项税额的专用发票应经税务机关认证相符（国家税务总局另有规定的除外）。认证相符的专用发票应作为购买方的记账凭证，不得退还销售方。 不过现实中，有些可能要求三联都要回去才能处理，这种情况下，就双方会计协商着处理掉就行了，就一个原则把握住，那就是不能抵扣进项税，必须做销项税转出。其他的都是程序性的问题，商量着解决掉就可以了。