总承包方在去年已经在地税开了建安发票给付款方了,工程期比较长,今年才完工,我们现在才开发票给总承包方,这样我们去国税代开发票的时候要缴税吗?

根据《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2016〕36号附件1第一条规定:“在中华人民共和国境内(以下称境内)销售服务、无形资产或者不动产(以下称应税行为)的单位和个人,为增值税纳税人,应当按照本办法缴纳增值税,不缴纳营业税。”你司作为分包方发生了增值税应税行为,是独立的纳税主体,和总承包方有没有开票缴税没有关系,不存在双重缴税的问题。