员工因公出差取得的发票，纳税人如何抵扣进项税？

根据《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件1：《营业税改征增值税试点实施办法》第二十七条规定，下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：……（六）购进的旅客运输服务、贷款服务、餐饮服务、居民日常服务和娱乐服务。

根据上述规定，购进的旅客运输服务的进项税额不得从销项税额中抵扣。因此，乘坐公共交通工具取得的票据其进项税额是无法抵扣的。但如果是驾驶公司自有车辆出差，就不属于购进旅客运输服务，行驶过程中花费的汽油费、停车费、通行费等，如果能取得增值税专票，其进项都可以抵扣。如果是租车出行开具增值税专用发票，汽车租赁费用中17%的税款也可以抵扣。

营改增后，住宿服务适用6%税率，如果购入的住宿服务用于员工因公出差，且能取得增值税专用发票，适用一般计税方法的公司是可以从销项税额中抵扣的。